仓央嘉措原名洛桑仁钦仓央嘉措。其之父扎西丹增，原居错那宗。其母为赞普后裔，名叫次旺拉姆。仓央嘉措诞生于1683年(藏历第十一绕迥水猪年）3月1日。
1697年（藏历第十二绕迥火牛年）被藏王第司·桑杰嘉措认定为五世达赖喇嘛的转世灵童。 同年年燃灯节之际，第六世达赖喇嘛仓央嘉措在布达拉宫的司喜平措大殿，在丹增达赖汗和第悉·桑结嘉措等藏蒙僧俗官员的参加下，举行了坐床典礼。清朝康熙皇帝从大局考虑，派出章嘉呼图克图等参加了典礼，并赏赐了无数珍宝。
1698年（藏历土虎年），仓央嘉措至哲蚌寺，建立最初的法缘，从《菩提道次第广论》的开首处，进行了经文传承，开始听取法相经典。第悉教授其梵文声韵知识。另外，还从班禅大师及甘丹寺主持、萨迦、格鲁、宁玛等派有道上师学习大量显密经典。第悉对于仓央嘉措的学习，管理得非常严格。
仓央嘉措成长的时代，恰值西藏政治动荡，内外各种矛盾接连不断地开始出现之际。1700年（藏历铁龙年），丹增达赖汗在西藏去世。其次子拉藏鲁白遂来至前藏，承袭了乃父职位。蒙古施主当中对此也产生了赞同与反对的两种意见。另外，第悉对第五世达赖喇嘛的圆寂进行了长期保密，这引起了清朝康熙帝的不满。在西藏内部，由于第悉独断专行，长期“ 匿丧”，身穿袈裟而又公开蓄养“主母”等行为，招致哲蚌寺、色拉寺部分首脑表现出不满情绪，等等。
各种矛盾错综复杂，仓央嘉措感到“失望，学习也无益处”，遂变得懒散起来， 且喜好游乐，放荡不羁。
1702年（藏历水马年六月），仓央嘉措20岁时，第悉劝其受比丘戒。他听从劝告。前往扎什伦布寺与班禅大师洛桑益西相见。第五世班禅的传记里说，“休说他受比丘戒，就连原先受的出家戒也无法阻挡地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而受比丘戒，在转法轮。但是，终无效应，只得将经过情形详细呈报第悉。仓央嘉措在扎什伦布寺居17日后返回拉萨。”（《五世班禅洛桑益西自传·明晰品行月亮》 209页）自那以后，仓央嘉措便穿起俗人衣服，任意而为。白天在龙王潭内射箭、饮酒、唱歌，恣意嬉戏。还到拉萨近郊去游玩，与年轻女子寻欢作乐，放弃了戒行。
拉藏汗利用第六世达赖喇嘛仓央嘉措与第悉·桑结嘉措之间的矛盾，制造越来越多的麻烦。第悉企图投毒杀害拉藏汗的说法传开以后，藏蒙福田、施主之间的矛盾更加尖锐。公元1705年（藏历木鸡年）一月，第六世达赖喇嘛、吉雪第巴、拉木降神人、色拉、哲蚌二寺堪布、政府各要员、班禅大师的代表、蒙古诸施主等，集议如何解决矛盾。最后议决，第悉·桑结嘉措辞去地方政府的职务，将贡嘎宗拨给他作为食邑；拉藏汗保留“地方政府蒙古王”的称号，返回青海驻牧。但是，实际上双方都没有打算执行决议。拉藏汗从拉萨出发以后，在羊八井、当雄等地驻留多日，缓缓抵达那曲。在那曲集结了藏北各地的蒙古军队，准备打仗。他借口第悉未遵守决议，仍然呆在布达拉宫内干预政府的一切事务，从那里折返拉萨。当年5月，拉藏汗在当雄将蒙古军队分为两路，一路由他亲自率领，从澎波而来；另一路由其妻次仁扎西及部分军官率领，从堆龙德庆而来。当时，色拉、哲蚌二寺的上师、密宗院的轨范师以及班禅大师的代表等人闻讯后，急忙先后赶去劝阻。请求汗王罢兵。但是，遭到拒绝。公元1705年（藏历第十二绕迥木鸡年）七月第悉·桑结嘉措被抓获，押至堆龙德庆的朗孜村立刻斩首。从此以后，蒙古人拉藏汗统治前后长达12年。